A Igreja Metodista Wesleyana, uma denominação genuinamente evangélica de princípios bíblicos, se organiza administrativamente como um sistema de governo centralizado de regime episcopal, com a seguinte estrutura eclesiástica:

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1. Denominação

2. Regiões eclesiásticas

3. Distritos eclesiásticos

4. Igrejas locais

5. Congregações

6. Grupos pequenos, denominados GCEU

No campo ministerial, sua ordem sagrada é composta de:

1. Missionárias

2. Pastores

3. Ministros

4. Bispos

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Sua composição administrativa compõe-se de:

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Colégio Episcopal: é constituído pelos bispos da denominação e exercem a autoridade máxima para assuntos eminentemente espirituais, éticos, disciplinares para seus iguais e formação de opinião para o grande público. Cada bispo é superintendente regional de uma região eclesiástica e supervisionado pelo bispo presidente do Colégio Episcopal.

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Conselho Geral: formado pelos bispos da denominação e mais 05 secretários gerais; que são: Secretário Geral de Administração, Secretário Geral de Educação Cristã, Secretário Geral de Ação Social, Secretário Geral de Missões e Secretário Geral de Finanças. É o conselho máximo para administração de toda a denominação.

Conselho Ministerial Regional: formado pelo bispo superintendente regional e os superintendentes distritais, que são ministros supervisores de um determinado número de igrejas no âmbito de um distrito eclesiástico. É o conselho de administração, supervisão, disciplina e nomeações no âmbito da região eclesiástica.

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Conselho Regional: formado pelos integrantes do CMR e mais os diretores e coordenadores regionais. Sua missão é de planejamento e execução dos planos de trabalhos aprovados em agenda.